Merupakan gabungan dari 17.000 pulau tropis, Indonesia adalah salah satu dari wilayah terkaya akan keragaman hayati di dunia. Meski begitu, menurut Jakarta Post, lebih dari separuh keragaman hayati ini tetap tak tercatat dengan hanya 20 dari lebih 400 wilayah di negara tersebut yang mencatat spesies.
“Indonesia adalah salah satu dari 17 titik panas keragaman hayati terluas di planet, namun kita belum mencatat kebanyakan daripadanya,” asisten wakil dari pelestarian keragaman hayati di Kementrian Lingkungan Hidup, Utami Andayani, mengatakan pada Jakarta Post, menambahkan, “sulit bagi kami untuk menuntut jika negara lain mengeksploitasi keanekaragaman hayati kita untuk kepentingan komersial seperti obat karena kurangnya data untuk membuktikan bahwa spesies tersebut berasal dari Indonesia.”
Banyak dari spesies ini bisa hilang bahkan tanpa pernah diketahui. Hutan di Indonesia, dan spesiesnya, sedang menghadapi tekanan yang tak ada bandingannya. Penggundulan hutan yang merajalela untuk kayu tropis, perkebunan kelapa sawit, pertambangan, dan bahan bakar telah meminta banyak korban dari lingkungan hidup Indonesia. Limapuluh tahun yang lalu 82 persen dari Indonesia masih tertutup oleh hutan. Sementara di tahun 2005, persentase itu telah jatuh ke angka 48 persen. Penebangan ilegal adalah masalah besar di negara ini: bahkan di masa lalu daerah-daerah yang dilindungi telah diterobos.
Indonesia adalah rumah bagi 30.000 spesies tanaman dan lebih dari 3.000 mamalia, burung, reptil, dan amfibi yang tercatat. Jumlah mamalia yang tercatat – 515 – merupakan kedua dari Brazil.
Indonesia adalah negara pembuang emisi gas rumah kaca terbesar ketiga (setelah Cina dan Amerika Serikat) sebagian besar karena penggundulan hutan hujannya dan perusakan lahan gambutnya.