Hutan-hutan di Borneo memiliki keragaman hayati yang tinggi. Menurut WWF, pulau tersebut diperkirakan memiliki paling tidak 222 spesies mamalia (44 diantaranya khas), 420 burung (37 khas), 100 amfibi, 394 ikan (19 khas), dan 15.000 tumbuhan (6.000 khas) — lebih dari 400 dari yang telah ditemukan di survei tahun 1994.
Berikut adalah sekilas dari beberapa spesies hewan yang terkenal.
Burung
Borneo sepertinya sangat terkenal akan burung enggangnya — delapan spesies ditemukan di pulau tersebut. Besar dan berisik, namun juga penuh warna dan karismatik, burung enggang memiliki kebiasaan bertelur yang luar biasa dimana enggang betina dikurung di lubang pohon selama masa bertelur. Pada masa ini ia sangat tergantung pada enggang jantannya untuk makan — jika ia tertangkap atau terbunuh, maka enggang betina dan anaknya akan mati juga.
Mamalia
Seperti di kebanyakan hutan hujan tropis, mamalia dengan mayoritas terbanyak di borneo terdiri dari kelelawar dan hewan pengerat, yang memiliki peran penting dalam ekologi — termasuk penyebaran bibit dan pengendalian populasi serangga — di dalam ekosistem hutan.
Ada 13 spesies primata di pulau tersebut, yang paling terkenal adalah orangutan (Pongo pygmaeus), bekantan (Nasalis larvatus), siamang (Hylobates muelleri), dan kera ekor-panjang (Macaca fascicularis). Borneo juga merupakan rumah dari banteng (Bos javanicus), seekor spesies dari lembu liar; badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) yang sangat terancam; gajah Asian (Elephas maximus), yang tingginya lebih rendah dari gajah di dataran utama; rusa Samba (Cervus unicolor), macan dahan (Neofelis nebulosa) dan beruang madu (Helarctos malayanus)
Orangutan
Orangutan adalah seekor kera besar dengan lengan yang panjang dan bulu coklat kemerahan. Saat ini orangutan hanya bisa ditemukan di hutan hujan di Borneo dan Sumatera, walau dahulu mereka tersebar luas di Asia Tenggara (sampai ke daerah selatan Cina). Saat ini orangutan sangat terancam keberadaannya di alam liar karena berkurangnya habitat mereka (pengerusakan hutan hujan untuk penebangan dan pertanian) dan penangkapan ilegal bayi-bayi orangutan untuk perdagangan hewan peliharaan. WWF memperkirakan bahwa dulunya ada sekitar 55.000 orangutan Borneo di tahun 2004, namun angka ini jatuh drastis sebagai akibat dari kebakaran hutan yang meluas dan meningkatnya pembukaan hutan untuk perkebunan kelapa sawit. Di Agustus 2006, Wildlife Conservation Society-Indonesia Program menyatakan bahwa populasi orangutan Indonesia ada 20.000, turun dari 35.000 di tahun 1996. Karena tingkat reproduksi yang lambat, para kelompok lingkungan hidup telah memperingatkan bahwa monyet merah ini dapat punah di dunia liar tanpa tindakan konservasi darurat. Analisa genetis akhir-akhir ini menyimpulkan bahwa ada tiga sub-spesies dari orangutan Borneo: Pongo pygmaeus morio, orangutan Borneo utara, Pongo pygmaeus wurmbii, orangutan Borneo tengah dan Pongo pygmaeus pygmaeus, orangutan Borneo barat daya. Untuk lebih banyak tentang orangutan, lihat artikel orangutan dan foto orangutan.
Bekantan
Bekantan hanya hidup di hutan hujan dataran rendah yang berawa di area pesisir Borneo dan Kepulauan Mentawai. Monyet besar ini sangat dikenal karena hidungnya yang menonjol keluar. Bekantan adalah hewan sosial, hidup dalam kelompok 10 hingga 32 individu yang dipimpin oleh i jantan yang dominan. Nama lokal dari bekantan adalah ‘orang belanda’. Menurut orang Indonesia, dengan hidungnya yang besar dan muka yang merah, mereka mengingatkan akan orang Belanda yang dulu berkuasa atas Indonesia. Bekantan saat ini sangat terancam keberadaannya — kurang dari 7.000 diajarkan untuk hidup di alam liar.
Siamang Borneo Muller
Siamang Borneo Muller (Hylobates muelleri) adalah khas daerah Borneo, mendiami bagian utara dan timur dari pulau tersebut. Di daerah barat laut pulau itu, siamang ini digantikan oleh siamang Agile. Siamang adalah monyet yang hidup secara monogami. Wilayah sepasang siamang biasanya dipertahankan dengan nyanyian. Seperti siamang lainnya, Siamang Borneo Muller juga bercirikan lengan yang panjang yang digunakan untuk berjalan di kanopi. Siamang Borneo Muller memakan buah-buahan. Ada tiga sub-spesies: M¸ller’s Gray Gibbon (Hylobates muelleri muelleri), Abbott’s Gray Gibbon (Hylobates muelleri abbotti), dan Gray Gibbon Utara (Hylobates muelleri funereus).
Beruang Madu
Beruang Madu adalah beruang terkecil di dunia, tingginya sekitar 4 kaki (1,2 meter). Mereka tinggal di daerah hutan hujan tropis di Asia Tenggara. Biasa hidup di malam hari, beruang madu merupakan hewan omnivora yang memakan berbagai jenis tanaman dan hewan. Borneo memiliki sebuah sub-spesies yang khas, Helarctos malayanus. Saat ini beruang madu terancam karena berkurangnya habitat mereka dan perburuan liar, baik untuk diambil dagingnya atau kepentingan medis — banyak orang Cina percaya bahwa bagian-bagian beruang madu memiliki kekuatan menyembuhkan yang spesial. Beruang madu terdaftar sebagai terancam oleh IUCN dan dilindungi oleh CITES.
Macan dahan
Macan dahan adalah kucing berukuran sedang yang dapat ditemukan di sepanjang Asia tenggara. Dimasukkan dalam daftar merah IUCN (2002), macan dahan dianggap “rapuh” akibat kerusakan habitat dan perburuan liar untuk diambil bulunya. Macan dahan kadang kala juga bisa ditemukan di menu-menu makanan lezat di Asia tenggara, Borneo memiliki satu sub-spesies khas yang dikenal dengan Neofelis nebulosa diardi.
Gajah Borneo
Gajah Pygmy Borneo (Elephas maximus borneensis) adalah gajah yang sulit untuk ditangkap, terbatas hanya di bagian kecil Borneo utara. WWF menyebutkan bahwa ada lima konsentrasi utama dari gajah yang diperkirakan memiliki jumlah total populasi 1.000 – 1.500. Gajah Pygmy Borneo adalah sub-spesies khas dari gajah Asia.
Badak Borneo
Badak Borneo (Dicerorhinus sumatrensis harrissoni), satu sub-spesies khas dari badak Sumatra, adalah badak terkecil di dunia. Mereka juga salah satu hewan yang paling terancam dengan populasi kurang dari 100 ekor. Perburuan untuk cula mereka — dipercaya orang Cina mengandung bahan-bahan medis berkualitas yang lebih baik dibandingkan cula badak Afrika — adalah ancaman terbesar spesies tersebut.
Banteng
Banteng adalah tipe hewan ternak liar yang bisa ditemukan di seluruh Asia tenggara. Banteng tumbuh hingga 1,6 meter pada bahu dan 2,3 meter panjangnya. Berat banteng bisa mencapai 1 ton metrik (2200 lbs). Banteng telah dijinakkan di beberapa bagian Asia tenggara. Saat ini mungkin hanya kurang dari 10.000 banteng asli yang ada di alam liar.
